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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  55 lines
  1. ************************************************************
  2. * Extracellular proteins SCP/Tpx-1/Ag5/PR-1/Sc7 signatures *
  3. ************************************************************
  4.  
  5. A variety of extracellular proteins from higher  eukaryotes have been found to
  6. be evolutionary related. These proteins are:
  7.  
  8.  - Rodents  sperm-coating  glycoprotein (SCP) (also known as acidic epididymal
  9.    glycoprotein (AEG)).  This  protein  is  thought  to  be  involved in sperm
  10.    maturation [1].  SCP  is  a  protein of of about 220 residues that probably
  11.    contains eight disulfide bonds.
  12.  - Mammalian testis-specific protein Tpx-1 [2]. Tpx-1 is highly related to the
  13.    SCP's.
  14.  - Venom  allergen 5  (Ag5)  from vespid wasps and venom allergen 3 (Ag3) from
  15.    fire ants.  These proteins  are potent allergens and are one the main cause
  16.    of allergic reactions to stings from insects of the hymenoptera family [3].
  17.    Ag5/3 are proteins of about 200 residues that contain four disulfide bonds.
  18.  - Plant  pathogenesis  proteins  of  the  PR-1 family [4]. These proteins are
  19.    synthesized during  pathogen  infection  or other stress-related responses.
  20.    PR-1 are proteins of about 130 to 140 residues  that probably contain three
  21.    disulfide bonds.
  22.  - Proteins  Sc7  and Sc14 from the basidomycete fungus Schizophyllum commune.
  23.    These extracellular  proteins  are loosely associated with the fruit bodies
  24.    hyphal walls [5]. Sc7/14 are proteins of  about 180 residues  that probably
  25.    contain two disulfide bonds.
  26.  - Yeast hypothetical protein YKR013w.
  27.  
  28. The exact function of these proteins is not yet known.  As signature patterns,
  29. we selected two conserved regions  located in the C-terminal half of all these
  30. proteins.  The second signature contains a cysteine which, in Ag5, is known to
  31. be involved in a disulfide bond.
  32.  
  33. -Consensus pattern: [GER]-H-[FYWH]-T-Q-[LIVM](2)-W-x(2)-[STN]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Consensus pattern: [LIVMFY](2)-x-C-[NQRHS]-Y-x-[PAR]-x-[GL]-N-[LIVMFYWDN]
  38.                     [C is involved in a disulfide bond]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Last update: June 1994 / First entry.
  43.  
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